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- 獄中贈鄒容
- 革命軍序（1903年）
- 駁康有為論革命書（1903年）
- 中華民國解（1907年）
- 駁中國用萬國新語說（1908年）
- 國故論衡（1910年）
- 膏蘭室札記
- 白話與文言之關係（1935年）
- 詁經札記
- 七略別錄佚文徵
- 春秋左傳讀
- 春秋左傳讀敍錄
- 駁箴膏肓評
- 訄書（初刻本）
- 訄書（重訂本）
- 檢論
- 太炎文錄初編
- 太炎文錄續編
- 齊物論釋
- 齊物論釋定本
- 莊子解故
- 管子餘義
- 廣論語駢枝
- 體撰錄
- 春秋左氏疑義答問
- 新方言
- 小學答問
- 嶺外三州語
- 說文部首均語
- 文始
- 新出三體石經考
- 醫論集
