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又名通儒院，即大学堂研究院。清光绪二十八年(1902)颁布的《钦定京师大学堂章程》规定，大学堂分大学院、大学专门科、大学预备科。次年将大学院改称通儒院。凡某分科大学之毕业生或具有同等学历者，欲入通儒院研究学术，由本人提出研究之学艺(科目)，经由该分科大学教员会议核定、考验及总监督核准者，方可入院从事专门学术研究，由教员指导答疑，无须随班上课。研究期限五年，第五年之末，呈交论著或创制新器，经分科大学教员会议审查合格者即为毕业。1913年1月改为大学院，分哲学院、史学院、植物学院等。